Die Konfirmandenzeit in der Südstadtkirchengemeinde bietet vielfältige Strukturen und viele Unterrichtende für die Konfirmanden und Konfirmandinnen an.
Das erste halbe Jahr verbringen die Konfis mit wöchentlichem Treffen an dem von ihnen selbst ausgewählten Standort, entweder an der Luther- oder der Margaretenkirche. Hierbei lernen sich die Konfis in Kleingruppen kennen. Thematisch werden die Grundlagen bearbeitet, zum Beispiel Gemeinde, Gottesdienst oder Bibel. Der Unterricht dieser Phase wird von Hauptamtlichen der Gemeinde geleitet. Zum Abschluss dieser Zeit fahren alle Konfis auf eine Wochenendfreizeit und lernen sich in der großen Gruppe kennen. Dieses Wochenende wird vom Diakon und vielen Ehrenamtlichen der Evangelischen Jugend Südstadt geleitet. Auf dem Programm stehen neben biblischen und spirituellen Inhalten auch Spiel, Spaß und Spannung. Häufig steht am Ende des Schulhalbjahres dann auch der Vorstellungsgottesdienst auf dem Plan, den die Konfirmanden und Konfirmandinnen in den Konfi-Treffen vorbereiten.
Das zweite Halbjahr besuchen die Konfis die von ihnen ausgewählte Seminare. Diese werden von Hauptamtlichen und Mitarbeitenden der Evangelischen Jugend angeboten. Seminare, wie die biblische Zooführung, die Orgelbesichtigung oder das Pilgern durch die Südstadt, finden zu unterschiedlichsten Zeiten und Tagen statt. Die Konfis haben die Möglichkeit diese Seminare mit ihren privaten Terminen unter einen Hut zu bekommen. Diese Seminarphase endet mit einem gemeinsamen Vorkonfiabschlusstag vor den Sommerferien.
Die Hauptkonfirmandenzeit besteht im Wesentlichen aus bis zu acht Hauptkonfitagen, die in der Regel an einem Samstag im Monat stattfinden. Hier werden unter anderem die Themen Abendmahl oder Taufe von Jugendlichen der Evangelischen Jugend vorbereitet und dann mit allen Konfis behandelt. Bei den Hauptkonfitagen wird (zweimal) gemeinsam zu Mittag gegessen und ein Abschlussgottesdienst gefeiert. Diese Phase wird durch die Hauptkonfifreizeit abgerundet. Inhaltlich ist dieses Wochenende wie die Vorkonfifreizeit gestaltet, viel dreht sich jedoch um das Thema Segen und den Konfirmationsspruch. Dieses Wochenende ist das letzte Mal, dass sich alle Konfis und Mitarbeitenden in der großen Gruppe sehen.
Danach werden ggf. der Vorstellungsgottesdienst und die Konfirmationen an den Standorten vorbereitet, die Konfirmationen finden dann zwischen Ostern und Pfingsten (an Sonntag und Samstagen) statt. Auch hier sind jugendliche Mitarbeitende dabei und laden die Konfirmanden und Konfirmandinnen zur Evangelischen Jugend ein.